สำนักงานปลัดบัญชีทหารเรือเดิมชื่อ กรมปลัดบัญชี โดยขึ้นอยู่กับ กรมยกกระบัตรทัพเรือตามคำสั่งที่ ๑/๑๒๒ โดยใช้ชื่อตำแหน่งว่า นายเวรบัญชีกลาง ต่อมาใช้ชื่อตำแหน่งว่า ยกกระบัตรทัพเรือ ตามคำสั่งที่ ๒๐/๑๒๘ และได้เปลี่ยนชื่อตำแหน่งเป็น ปลัดบัญชีกระทรวงทหารเรือ ตามคำสั่งที่ ๑๓/๐๐๓๙๖ และคำสั่งที่ ๑๔/๐๐๓๙๗ ลงวันที่ ๑๑ เม.ย.๒๔๕๔ ให้ นายนาวาโท ม.จ.อุปพัทธพงษ์ หัวหน้ากองตรวจสอบสารบัญชี เป็น ปลัดบัญชีกระทรวงทหารเรือ ทั้งนี้ตั้งแต่ ๑๑ เม.ย.๒๔๕๔ และในวันเดียวกันให้ น.ต.หลวงจักรยานานุพิจารณ์ กรมทหารเรือฝ่ายบก เป็น หัวหน้ากองตรวจบัญชี กรมยกกระบัตรทัพเรือและปฏิบัติหน้าที่เป็นหัวหน้ากองบัญชีกลางทหารเรือ อีกตำแหน่งหนึ่ง การใช้ชื่อหน่วยงานว่ากรมบัญชีทหารเรือนั้น ใช้มาจนถึงวันที่ ๘ ก.พ.๒๔๘๖ อยู่ในช่วงที่ พล.ร.อ.หลวงสินธุ์ กมลนาวิน เป็น ผู้บัญชาการทหารเรือ (ผบ.ทร.ลำดับที่ ๑๗)

 

                          ปัจจุบัน สำนักงานปลัดบัญชีทหารเรือ ได้จัดตั้งขึ้นตาม พระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการ และกำหนดหน้าที่ของส่วนราชการ กองทัพเรือ กองบัญชาการทหารสูงสุด กระทรวงกลาโหม โดยได้ลงประกาศไว้ในราชกิจจานุเบกษาฉบับพิเศษ เล่มที่ ๙๕ ตอน ๓๐ ลง ๑๖ มี.ค.๒๑ ซึ่งมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันถัดจากวันที่ประกาศ ในราชกิจจานุเบกษา ดังนั้น กองทัพเรือจึงอนุมัติให้วันที่ ๑๗ มี.ค.๒๑ เป็นวันสถาปนาสำนักงานปลัดบัญชีทหารเรือ เพื่อปฏิบัติหน้าที่ในนาม ของกองทัพเรือ ในด้านการบริหารงบประมาณ เสนอขออนุมัติงบประมาณของกองทัพเรือ ชี้แจงความสมเหตุสมผลของคำของบประมาณ ดำเนินการจัดสรร แบ่งสรรให้กับหน่วยต่าง ๆ ในกองทัพเรือไปปฏิบัติงานตามภารกิจและความรับผิดชอบ ตลอดจนการบริหารทรัพยากร ดำเนินการเปิดการฝึกศึกษาวิชาการปลัดบัญชี และวิชาการอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย มีปลัดบัญชีทหารเรือเป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ