มาตรา ๑๒ สำนักงานปลัดบัญชีทหารเรือ มีหน้าที่วางแผน อำนวยการ ประสานงาน กำกับการ และดำเนินการเกี่ยวกับการงบประมาณการบริหารทรัพยกร การบัญชี และการควบคุมภายในตลอดจนให้การฝึกและศึกษาวิชาการกิจการปลัดบัญชีและ วิชาการอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย
มีปลัดบัญชีทหารเรือเป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ