ภารกิจและโครงสร้าง
มีหน้าที่ เสนอนโยบาย วางแผน อำนวยการ ประสานงาน กำกับการ และดำเนินการเกี่ยวกับการจัดทำแผนยุทธศาสตร์การบริหารจัดการ
และแผนปฏิบัติราชการของกองทัพเรือ การจัดทำคำของบประมาณรายจ่ายประจำปี การจัดสรรงบประมาณ การบริหารเงินงบประมาณ และเงินนอกงบประมาณ
การตรวจสอบ วิเคราะห์และประเมินผล และดำเนินการเกี่ยวกับระบบการเงิน การบัญชี การจัดทำต้นทุนผลผลิตและกิจกรรม การควบคุมภายใน ตลอดจนกำหนดหลักการ
วิธีการ และมาตรฐานด้านงบประมาณระบบโครงการ ระบบบัญชีและการเงิน และระบบควบคุมภายในของกองทัพเรือ
กองแผนและจัดทำงบประมาณ มีหน้าวางแผน อำนวยการ ประสานงาน กำกับการ และดำเนินการเกี่ยวกับนโยบาย และแผนยุทธศาสตร์การบริหารจัดการ
นโยบายและยุทธศาสตร์การจัดทำการจัดสรรงบประมาณรายจ่ายประจำปี การกำหนดหลักการและวิธีการเกี่ยวกับระบบงบประมาณ และระบบโครงการ
ตลอดจนการกำหนดมาตรฐานค่าใช้จ่ายของกองทัพเรือ
กองบริหารงบประมาณ มีหน้าที่วางแผน อำนวยการ ประสานงาน กำกับการ ดำเนินการเกี่ยวกับการเสนอขออนุมัติแผนการปฏิบัติราชการประจำปีของหน่วยขึ้นตรงกองทัพเรือ
การบริหารเงินงบประมาณรายจ่ายประจำปี เงินงบประมาณที่กันไว้เบิกเหลื่อมปี และขยายเวลาเบิกจ่าย และเงินนอกงบประมาณที่อยู่ในความดูแลรับผิดชอบของกองทัพเรือ
กองตรวจสอบและประเมินผล มีหน้าที่วางแผน อำนวยการ ประสานงาน กำกับการ และดำเนินการเกี่ยวกับการตรวจสอบ วิเคราะห์และประเมินผลการใช้จ่ายเงินงบประมาณรายจ่ายประจำปี
เงินงบประมาณที่กันไว้เบิกเหลื่อมปี และขยายเวลาเบิกจ่าย ผลสัมฤทธิ์ของการดำเนินงานโครงการ และการวิเคราะห์ระดับความสำเร็จของการดำเนินงานการใช้จ่ายงบประมาณของกองทัพเรือ
กองบัญชี มีหน้าที่ควบคุม กำกับดูแล และเสนอแนะการปฏิบัติเกี่ยวกับการเงิน การบัญชี การจัดทำต้นทุนผลผลิต และกิจกรรม การควบคุมภายใน กำหนดหลักการ
และวิธีการปฏิบัติเกี่ยวกับระบบการเงิน การบัญชี และการควบคมภายในให้สอดคล้องกับกฎหมาย คำสั่ง ระเบียบ ข้อบังคุบ คำแนะนำ
หนังสือเรียนที่เกี่ยวข้องกับการปฏิบัติด้านการเงิน การบัญชี และการควบคุมภายใน